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如何查找基因启动子 教程ensemble

定义:启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录,调控区域能够对不同的环境条件作出应答,对基因的表达水平做出相应的调节。

启动子是RNA聚合酶特异性识别和结合的部位。启动子方向性,位于转录起始点上游,本身并不被转录。DNA链上与RNA链的第一个核苷酸对应的碱基标记为+1(如下图),由此碱基向上游(5’端)数的碱基顺序数为负(-1-2……),向下游(3’端)数的碱基为正(+2+3……

区域:启动子的范围非常大,可以包含转录起始位点上游2000bp,有些特定基因的转录区内部也存在着转录因子的结合位点,因此也属于启动子范围。

总结起来,也就是说启动子约在与mRNA所对应的DNA序列之前约2000个左右的碱基。

明白了启动子的含义之后,我们以human-MiR181c为例,应用ensembl基因组浏览器开始查找该基因的启动子序列。网址为http://asia.ensembl.org/index.html?redirect=no

进入ensembl的主页后,如下

 1.png

genome的下拉菜单中选择human,在search框中键入mir181cgo

如下图所示:点开链接

2.png

点开22.png

3.png出现如下界面,往下拉

4.png

5.png

点击6.png

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